Szpital z działalnością mieszaną a odliczenie VAT od sprzętu: czego uczy wyrok TSUE

Duży szpital rzadko żyje wyłącznie ze świadczeń finansowanych przez NFZ. Prowadzi komercyjne badania kliniczne leków, wynajmuje sale, sterylizuje narzędzia dla zewnętrznych gabinetów, organizuje płatne staże. To „działalność mieszana” – część zwolniona z VAT (świadczenia zdrowotne), część opodatkowana. Pytanie, które od lat spędza sen z powiek dyrektorom finansowym szpitali klinicznych, brzmi: czy VAT zapłacony przy zakupie sprzętu, który służy obu tym działalnościom jednocześnie, można chociaż częściowo odliczyć? Trybunał Sprawiedliwości UE właśnie udzielił odpowiedzi, która – mimo pozornie surowego tonu – otwiera szpitalom furtkę.

Stan faktyczny: szpital, który leczy, bada i szkoli

Sprawa trafiła do TSUE za pośrednictwem czeskiego sądu administracyjnego, w sporze szpitala Oblastní nemocnice Kolín z tamtejszą administracją skarbową – jej znaczenie wykracza jednak daleko poza Czechy, bo wykładnia Dyrektywy VAT dokonana przez Trybunał wiąże także polskie organy i sądy. Szpital prowadził działalność mieszaną: obok zwolnionych z VAT świadczeń zdrowotnych wykonywał również czynności opodatkowane – komercyjne badania kliniczne leków, płatne staże medyczne, usługi sterylizacji na rzecz podmiotów trzecich oraz część badań diagnostycznych. Argumentował, że część wydatków na wyposażenie techniczne, którego posiadanie nakazuje prawo, powinna być traktowana jako koszt ogólny całej działalności gospodarczej szpitala – a więc dająca prawo do proporcjonalnego odliczenia VAT.

Co powiedział Trybunał

TSUE nie poszedł na łatwiznę w żadną stronę. Odrzucił argumentację, że sam ustawowy obowiązek posiadania sprzętu automatycznie czyni wydatek „kosztem ogólnym” uprawniającym do odliczenia – to byłoby uproszczenie korzystne dla podatników, ale niezgodne z logiką systemu VAT. Jednocześnie Trybunał nie zamknął drogi do odliczenia. Wskazał, że każdy wydatek trzeba oceniać indywidualnie, biorąc pod uwagę jego rzeczywiste, funkcjonalne wykorzystanie. Sprzęt, który faktycznie służy zarówno działalności zwolnionej (leczenie), jak i opodatkowanej (np. badania kliniczne, sterylizacja komercyjna), może uzasadniać częściowe, proporcjonalne odliczenie VAT – nawet jeśli jego zakup wynikał z wymogu ustawowego.

Dlaczego to ważne dla polskich szpitali

Wyrok zmienia sposób argumentacji w sporach o odliczenie VAT: zamiast formalnego sporu o to, czy dany zakup „jest” czy „nie jest” kosztem ogólnym z definicji, liczy się udokumentowanie faktycznego, mieszanego wykorzystania sprzętu. Dla szpitali klinicznych, ośrodków prowadzących badania kliniczne, laboratoriów świadczących usługi także na rzecz podmiotów zewnętrznych czy centrów sterylizacji obsługujących kilka placówek jednocześnie – to konkretna wskazówka, jak budować dokumentację i wnioski o interpretację, by bronić prawa do odliczenia proporcjonalnego zamiast godzić się na jego całkowity brak.

Co warto zrobić już dziś

• Zmapuj środki trwałe i wyposażenie wykorzystywane jednocześnie w działalności zwolnionej i opodatkowanej.
• Przygotuj dokumentację faktycznego wykorzystania (harmonogramy, ewidencje, umowy z podmiotami zewnętrznymi), a nie tylko odwołanie do wymogów formalnoprawnych.
• Rozważ wystąpienie o interpretację indywidualną w oparciu o aktualną, funkcjonalną wykładnię TSUE.

Jak możemy pomóc

Zespół MED TAX PRO wspiera podmioty lecznicze w ustalaniu proporcji odliczenia VAT i przygotowaniu wniosków o interpretacje podatkowe uwzględniające najnowsze orzecznictwo unijne. Jeśli Twoja placówka prowadzi działalność mieszaną i rozlicza VAT proporcjonalnie – sprawdźmy razem, czy stosowany model odliczeń nadal jest optymalny.

Niniejszy artykuł ma charakter informacyjny i nie stanowi porady podatkowej ani prawnej w indywidualnej sprawie. Zastosowanie opisanych rozwiązań każdorazowo wymaga analizy konkretnego stanu faktycznego.