Przekształcenie praktyki lekarskiej w spółkę: nowy start dla estońskiego CIT

Coraz więcej lekarzy i dentystów prowadzących jednoosobową działalność gospodarczą rozważa przekształcenie swojej praktyki w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością — najczęściej z myślą o ograniczeniu odpowiedzialności majątkowej i o skorzystaniu z estońskiego CIT. Tu pojawia się jednak pytanie, które od lat budziło wątpliwości praktyczne: czy nowo powstała spółka może od razu wejść w estoński CIT na standardowych, korzystniejszych zasadach przewidzianych dla podmiotów rozpoczynających działalność, czy też musi być traktowana jako kontynuatorka przekształconej działalności i w związku z tym podlegać bardziej rygorystycznym warunkom wejścia w ryczałt. Odpowiedź na to pytanie decyduje o tym, jak szybko i na jakich warunkach lekarska spółka może zacząć korzystać z preferencyjnego rozliczenia.

WYROK W SKRÓCIE

Sąd/Organ: NSA

Sygnatura: II FSK 1412/24

Data: 11 marca 2025 r.

Sedno rozstrzygnięcia: Spółka powstała z przekształcenia jednoosobowej działalności gospodarczej (JDG) w sp. z o.o. jest traktowana jako „podatnik rozpoczynający działalność” dla celów estońskiego CIT — restartuje preferencyjny zegar, zamiast dziedziczyć status poprzednika.

Stan faktyczny

Sprawa dotyczyła podmiotu, który prowadził jednoosobową działalność gospodarczą, a następnie przekształcił ją w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością i rozważał wejście na estoński CIT. Spór sprowadzał się do tego, jak taką nowo powstałą spółkę zakwalifikować na gruncie przepisów o ryczałcie od dochodów spółek — czy jako podmiot, który dopiero rozpoczyna działalność gospodarczą, czy jako kontynuatorkę działalności prowadzonej wcześniej w innej formie prawnej.

Rozstrzygnięcie tej kwestii ma znaczenie praktyczne, ponieważ ustawa o CIT przewiduje odrębne, mniej korzystne zasady stosowania estońskiego CIT wobec podmiotów powstałych z przekształcenia — w szczególności ograniczenia dotyczące okresu karencji oraz sposobu ustalania warunków wejścia w ryczałt, odmienne od tych, jakie obowiązują podatnika rozpoczynającego działalność od zera.

Co powiedział NSA

NSA orzekł, że spółka powstała z przekształcenia JDG w sp. z o.o. powinna być traktowana jako podatnik rozpoczynający działalność gospodarczą dla celów estońskiego CIT. Oznacza to, że taka spółka nie dziedziczy statusu podatkowego, jaki miała przekształcana jednoosobowa działalność gospodarcza jej właściciela, lecz w praktyce restartuje zegar liczony od nowa — tak, jakby dopiero zaczynała funkcjonować jako odrębny podatnik.

Sąd oparł swoje rozstrzygnięcie na odrębności prawnej i podatkowej, jaka powstaje w momencie przekształcenia jednoosobowej działalności gospodarczej w spółkę kapitałową. Skoro jednoosobowa działalność gospodarcza osoby fizycznej nie jest tym samym podatnikiem CIT co powstała z przekształcenia spółka, nie ma podstaw, by nakładać na tę spółkę ograniczenia przewidziane dla podmiotów kontynuujących wcześniejszą działalność w tej samej formie prawnej.

Dlaczego to ważne dla lekarzy i dentystów przekształcających praktykę w spółkę

Wyrok NSA bezpośrednio dotyczy najczęstszego scenariusza, z jakim mierzą się lekarze i dentyści planujący uporządkowanie formy prawnej swojej praktyki: przejścia z JDG do sp. z o.o. Rozstrzyga on wątpliwość, która mogła zniechęcać do takiego kroku — czy nowo powstała spółka będzie musiała czekać dłużej lub spełniać dodatkowe warunki, zanim skorzysta z estońskiego CIT, tylko dlatego że powstała z przekształcenia, a nie „od zera”.

Dla praktyki lekarskiej lub dentystycznej, która dopiero co przeszła transformację z jednoosobowej działalności w spółkę, oznacza to, że planowanie wejścia w ryczałt od dochodów spółek można prowadzić na zasadach właściwych dla podmiotu rozpoczynającego działalność, a nie na zasadach zaostrzonych, przewidzianych dla kontynuatorów. To bezpośrednio wpływa na moment, w którym spółka może realnie zacząć korzystać z korzyści estońskiego CIT po przekształceniu.

Wyrok ma znaczenie również dla doradców podatkowych i księgowych obsługujących podmioty medyczne, którzy przy planowaniu przekształcenia muszą wskazać klientowi, na jakich warunkach nowa spółka wejdzie w estoński CIT — rozstrzygnięcie NSA daje w tym zakresie jasną wykładnię korzystną dla podatnika.

Co warto zrobić już dziś

• Jeśli planujesz przekształcenie praktyki lekarskiej z JDG w spółkę z o.o., uwzględnij w harmonogramie transformacji możliwość wejścia w estoński CIT na zasadach właściwych dla podatnika rozpoczynającego działalność.
• Jeśli przekształcenie już nastąpiło, a spółka nie skorzystała jeszcze z ryczałtu od dochodów spółek w obawie przed statusem kontynuatorki, sprawdź ponownie warunki wejścia w estoński CIT w świetle wyroku II FSK 1412/24.
• Skonsultuj z doradcą podatkowym, jak wyrok NSA II FSK 1412/24 wpływa na konkretny harmonogram i strukturę Twojego przekształcenia, zanim złożysz zawiadomienie o wyborze estońskiego CIT.

Jak możemy pomóc

MED TAX PRO od lat wspiera lekarzy, dentystów i podmioty lecznicze w procesach przekształcenia jednoosobowej działalności gospodarczej w spółki oraz w planowaniu przejścia na estoński CIT. Pomagamy ocenić, na jakim etapie i na jakich warunkach nowo powstała spółka medyczna może skorzystać z ryczałtu od dochodów spółek, przygotowujemy dokumentację związaną z przekształceniem i zgłoszeniem do estońskiego CIT, a także reprezentujemy klientów w kontaktach z organami podatkowymi w razie wątpliwości interpretacyjnych. Jeśli rozważasz przekształcenie swojej praktyki lub już je przeprowadziłeś i zastanawiasz się nad wejściem w estoński CIT, chętnie przeanalizujemy Twoją sytuację.

Niniejszy artykuł ma charakter informacyjny i nie stanowi porady podatkowej ani prawnej w indywidualnej sprawie. Zastosowanie opisanych rozwiązań każdorazowo wymaga analizy konkretnego stanu faktycznego.